腸道菌在醫療的應用遠在東晉時期即有紀載，當時利用糞便(含有大量腸道菌)治療消化道相關的疾病，藥名稱為「黃龍湯」；明朝李時珍的本草綱目亦有紀載，以不同年齡層取得的糞便，治療包括嚴重腹瀉、發熱、嘔吐與便祕。現今，美國FDA已核准利用糞菌移植的治療方式針對困難梭狀桿菌引起的腹瀉與腸炎；臺灣衛福部的特管辦法亦核准微菌叢移植的可行性……，由於現行藥物的治療效果以及抗生素濫用導致的抗藥性菌種增多，腸道菌用於疾病的治療近年來在歐美已逐漸成形且日益蓬勃，臺灣的腸道菌研究尚以益生菌為主要的市場開發，老祖宗的智慧是值得發揚光大的，試想，火藥也是咱們老祖宗的智慧，但槍砲卻在西洋的國度裡發揚光大，我們是有機會主導「黃龍湯」的主場優勢的!基於這個簡單的使命感，澄交生技在2019年2月成立了。
澄交生技的事業體主要有兩個主軸：「腸道菌癌症輔助治療新藥開發」與「益生菌相關保健食品開發」。腸道菌與疾病的相關性以及其在疾病治療上應用是近十年來科學上重要的突破, 澄交生技擬以自建的技術平台篩選關鍵的腸道菌以及鑑定腸道菌代謝產物，各別與化療或免疫治療搭配的治療方案，為消化道癌症的臨床治療尋求更有效與降低副作用的治療方案。益生菌相關保健食品的開發將結合台灣優勢的農、漁產業，開發自有品牌的保健食品，拓展海內外的原料、半成品與成品的市場，以保健食品的營收支持腸道菌新藥的研發，以腸道菌癌症輔助新藥的開發與授權成就澄交生技的商業模式與品牌價值。
今年，澄交生技順利取得國發基金的天使投資，同時獲選第九屆港澳臺生物醫藥競賽新創組二等獎的佳績，保健食品亦獲得中華工商經貿科技發展協會第十九屆臺灣品質保證金像獎的殊榮，帶著投資者的期待與國發基金、專家學者對於研發技術的肯定與支持，澄交生技除了積極完成腸道菌癌症輔助治療新藥的專利佈局與尋求可能的國際藥廠授權的機會以外，亦將帶著優良的保健食品打國際市場，將台灣優質的農產品推向國際。
